Samal ajal rasvadega peab organism saama ka valke, millel on struktuurifunktsioon. Valgud on rakumembraanide ja maatriksi komponendid ning biokatalüsaatorid, reguleerides ainevahetust ja moodustades hormoone. Neil on lisaks transpordi- ja kaitsefunktsioon. Valgud on luude, juuste ja küünte struktuurikomponendid ning vajalikud südame, sisesekretsiooninäärmete jm tegevuseks.
Energiat saame valkudest ainult vähesel määral. Paastumise ajal saab keha vajalikud valgud omaenda tagavaradest, st vähem tähtsatest organitest ja kudedest. Uuringutes on selgunud veel üks kaua saladuses püsinud asjaolu: valkude ammutamisel organismi enda varudest alustatakse nõrgestatud ja haigete kudede ärakasutamisest, samuti lähevad kasutusse kasvajad, tursed, armid jmt. Seda nimetatakse meditsiinis autolüüsiks ehk enese seedimiseks ja siit tulebki paastumise võrdlemine ilma noata operatsiooniga – paastumise käigus eemaldab organism endast kõik patoloogilise.
Kehakaal langeb kuni 89% ulatuses rasvkudede arvelt erinevates kehapiirkondades, teiste kudede mass eriti ei vähene. Paastu ajal ei ilmne aminohapete ainevahetuses erilisi muutusi. Valke kasutatakse energiaallikana väga väiksel määral ning valgusüntees ja valkude lõhustamine püsivad tasakaalus. Lihaskoe valgud katavad energiakulud 10–12% ulatuses, kuid üksnes siis, kui rasvavarud on lõppenud.
Saksa arst ja paastuasjatundja Otto Buchinger (1878–1966) on selgitanud, et paastumise ajal tegutseb organism iseenda sisemise arstina: kui on vaja säilitada normaalne aine vahetus ja kasutada ära oma valgudepood, põletab ta eelkõige patoloogilisi moodustusi. Paastumine kui organismi kõigi kudede ja mahlade tervistav puhastumine stimuleerib valgu ainevahetuse produktidega ka vegetatiivset närvisüsteemi. Seepärast on paastumine Buchingeri hinnangul parim bioloogiline ravimeetod, mida tehakse range sisemise järelevalve all.